Aan de Theologische Universiteit Apeldoorn wordt een zesjarige studie theologie aangeboden. In de opleiding staat de wetenschappelijke kwaliteit verbonden aan een gedegen beroepsmatige toerusting centraal. Daarbij is er veel aandacht voor persoonlijkheidsvorming van de toekomstige predikanten en andere werkers in en buiten de kerk.

De nadruk op het onderwijs in de brontalen wordt van belang geacht, omdat alleen zo verdieping en verbreding van de kennis van de Bijbel en van de theologische traditie goed tot zijn recht kan komen. Dit uitgangspunt is leidend voor het zesjarig studietraject, met een bachelorfase van drie jaar en een masterfase van eveneens drie jaar. Tijdens de studie wordt de ontwikkeling van de talenkennis direct toegepast bij de studie van de theologische onderwerpen. Zo worden aanstaande theologen toegerust om zelfstandig vanuit de grondtalen het evangelie te kunnen doorgeven en in kerk en wetenschap optimaal werkzaam te kunnen zijn.

Karakteristiek voor de TUA-gemeenschap is de binding aan de gereformeerde geloofstraditie, zoals verwoord in de belijdenisgeschriften.